本局之前身為苗栗縣衛生院，係民國39年10月25日全台行政區域劃分時奉准成立，隸屬苗栗縣政府，置院長一人，下分3課3室及門診部，掌理地方公共衛生，基層醫療保健工作。

本局成立時原址設在苗栗市立醫院內，至民國40年1月搬遷 至苗栗市高苗里中正路446號，復於民國41年再遷至本市中正路133號，至民國41年6月承農復會撥款補助新建院址於本市中正路133號，民國47年11月奠基，建築至民國48年5月落成，遷新址辦公，內計分6課3室，以及門診部等各科室，民國49年依據省令成立護理室，民國50年7月為配合實際業務需要，奉令改制為苗栗縣衛生局，並擴編為6課3室，此時護理室改為第5課；又奉前台灣省政府民國63年7月17日府人甲字第80489號函修正鄉鎮衛生所組織規程，於民國63年6月6日府人甲字第54661號令在案，經於民國63年8月交接竣事改隸。再於民國69年12月為業務需要，將本局之公共衛生護士、護士、助產士等全部改為護理督導員，編制員額亦由原核定之31人擴充為45人；迄民國73年奉前台灣省政府民國73年9月26日府1人字第7804號函修訂組織規程增設第7課，於同年12月成立，員額為51人；民國78年又增加檢驗員及相繼增加人事助理及會計佐理員；民國50年5月1日環保局成立移撥人員後，現有員額編制為51人。

民國74年4月7日遷至苗栗市建民街28號辦公迄至民國78年12月19日新建辦公大樓落成始正式遷至現址苗栗市勝利里38鄰國福路6號辦公，在這之前在調查站舊址，因辦公環境狹小，不敷日益成長的公共衛生工作所需，而經林局長可迅辛勤奔走於縣府及上級長官間，終獲共識，才得以順利建造完成。

民國89年為配合地方制度法之實施，本局組織規程修正為7課4室，分別為疾病管制課、企劃課、醫政課、藥政課、保健暨衛生管理課、檢驗課、食品衛生課、行政室、人事室、會計室及政風室，技正改置為副局長，技士1名改置為專員，護理督導員、營養員，職稱改為技士，惟為勵行政府人事精簡政策，員額編制仍維持51人 。 民國97年奉苗栗縣政府97年8月6日府行法字第0970116833號令，飭自97年8月8日改稱苗栗縣政府衛生局，置8科3室，分別為疾病管制科、企劃科、醫政科、藥政科、保健科、檢驗科、食品衛生科、行政科、會計室、人事室及政風室，員額編制仍維持51人 。

衛生業務隨著社會進步及醫療保健科技的發展，新的問題不斷湧現，本局為因應環境變遷及人口結構改變，研討改進各項措施，深入鄉里，由點、線至面解決縣民切身問題，舉凡防疫保健、關懷弱勢團體、居家護理、長期照護、取締不法藥物醫療廣告、查緝密醫密護、均衡並充實醫療資源，保障縣民食的健康與安全及本縣公共衛生等。本縣公共衛生工作，除了有上級正確的衛生政策指導外，本局亦朝前瞻性未來發展訂定目標後擬定計劃實施，期能提供縣民更安全衛生的生活保障。